С момента образования Институт активно развивает профилактическое направление отечественной медицины, являясь научным и методическим центром страны по комплексному изучению влияния производственно-профессиональных факторов на здоровье работающих и разработке научно обоснованных путей оздоровления условий труда с целью сохранения и укрепления здоровья работающих, продления их жизни, предупреждения и лечения как профессиональных, так и профессионально-обусловленных заболеваний.Институт работает в тесном сотрудничестве с департаментами, службами и агентствами Министерства здравоохранения и социального развития РФ, другими министерствами и ведомствами, оказывает консультации и дает заключения по запросам предприятий и организаций.На базе Института работают:- Научный совет по медико-экологическим проблемам здоровья работающих в составе 4х проблемных комиссий, для двух из которых - "Научные основы медицины труда" и "Научные основы охраны репродуктивного здоровья работающих" Институт является базовой организацией;- Центры по гигиенической сертификации продукции промышленного, бытового назначения и парфюмерно-косметической продукции;- Центр по сертификации работ по охране труда и аттестации рабочих мест;-Медико-профилактический Центр.Клиника ФГБНУ "НИИ МТ" - это научный центр диагностики, профилактики, лечения, как профессиональных, так и производственно-обусловленных и неинфекционных заболеваний. Клиника со дня своего основания, является научно-методическим центром по решению экспертных вопросов связи заболевания с профессией.Основным направлением деятельности клиники является организация и оказание медицинской помощи работающим во вредных и опасных условиях труда, оказание медицинских услуг по профилактике, диагностике, лечению и реабилитации больных с профессиональной и общей патологией, экспертизе профпригодности и установлению связи заболевания с профессией.

Центр молекулярной диагностики (CMD) – крупнейший лабораторно-диагностический центр в России, функционирующий на базе Центрального научно-исследовательского института Эпидемиологии Роспотребнадзора и предоставляющий пациентам и медицинским учреждениям широкий спектр лабораторно-диагностических исследований экспертного уровня по всем направлениям лабораторной диагностики. CMD является одним из лидеров рынка лабораторных услуг и молекулярных технологий России и ближнего зарубежья, главным образом, выполняемых на основе современных молекулярно-генетических методов, таких как ПЦР в режиме реального времени, NASBA, секвенирования, пиросеквенирования, гибридизационных методов. Мы сами разрабатываем, производим и внедряем в практическое здравоохранение свои диагностические тесты (исследования) для выявления инфекционных, наследственных и генетически обусловленных заболеваний человека, многие из которых являются уникальными и выполняются только в CMD Центрального НИИ Эпидемиологии. Основные наши ПЦР-тесты имеют СЕ-марку в соответствии с Директивой 98/79/ЕС на производство препаратов для in vitro диагностики. Преимущество и уникальность лаборатории CMD обусловлены научным потенциалом Центрального НИИ Эпидемиологии, который подтверждается квалификацией сотрудников активно взаимодействующих с Всемирной Организацией Здравоохранения (ВОЗ), Международными центрами по контролю за инфекционными заболеваниями, зарубежными клиниками, институтами и университетами; принимающих участие в российских и зарубежных научно-практических мероприятиях; публикующих свои работы в ведущих мировых изданиях. Наши лаборатории оснащены современным оборудованием ведущих мировых и отечественных производителей: Abbot, Roche, Bio Rad, Beckman Coulter и др. В своей работе мы используем новейшие лабораторные, информационные, медицинские и логистические технологии. Лабораторная диагностика в CMD – это сочетание больших диагностических возможностей, точности, надежности, эффективности и скорости получения результатов с удобными современными сервисами, доступными ценами и всесторонней поддержкой в проведении диагностического обследования.