С момента образования Институт активно развивает профилактическое направление отечественной медицины, являясь научным и методическим центром страны по комплексному изучению влияния производственно-профессиональных факторов на здоровье работающих и разработке научно обоснованных путей оздоровления условий труда с целью сохранения и укрепления здоровья работающих, продления их жизни, предупреждения и лечения как профессиональных, так и профессионально-обусловленных заболеваний.

Институт работает в тесном сотрудничестве с департаментами, службами и агентствами Министерства здравоохранения и социального развития РФ, другими министерствами и ведомствами, оказывает консультации и дает заключения по запросам предприятий и организаций.

На базе Института работают:

- Научный совет по медико-экологическим проблемам здоровья работающих в составе 4х проблемных комиссий, для двух из которых - "Научные основы медицины труда" и "Научные основы охраны репродуктивного здоровья работающих" Институт является базовой организацией;

- Центры по гигиенической сертификации продукции промышленного, бытового назначения и парфюмерно-косметической продукции;

- Центр по сертификации работ по охране труда и аттестации рабочих мест;

-Медико-профилактический Центр.

Клиника ФГБНУ "НИИ МТ" - это научный центр диагностики, профилактики, лечения, как профессиональных, так и производственно-обусловленных и неинфекционных заболеваний. Клиника со дня своего основания, является научно-методическим центром по решению экспертных вопросов связи заболевания с профессией.

Основным направлением деятельности клиники является организация и оказание медицинской помощи работающим во вредных и опасных условиях труда, оказание медицинских услуг по профилактике, диагностике, лечению и реабилитации больных с профессиональной и общей патологией, экспертизе профпригодности и установлению связи заболевания с профессией.