Постановлением Правительства Российской Федерации от 14 июня 2002 г. № 418 "О создании Московского университета Министерства внутренних дел Российской Федерации" и приказом Министра внутренних дел Российской Федерации от 21 июня 2002 г. № 594 "О мерах по реализации Постановления Правительства Российской Федерации от 14 июня 2002 г. № 418" на базе трех вузов МВД России: государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московская академия Министерства внутренних дел Российской Федерации", государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Юридический институт Министерства внутренних дел Российской Федерации" и государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московский институт Министерства внутренних дел Российской Федерации" - путем их реорганизации был создан Московский университет МВД России.

В состав Университета вошли филиалы: Брянский, Московский областной, Рязанский, Смоленский, Тамбовский, Тверской и Тульский.

В 2008 г. в состав Университета вошла Московская средняя специальная школа милиции МВД России. МССШМ была образована в 1949 г. и являлась одним из самых крупных ведомственных учебных заведений среднего профессионального образования. В разное время ее начальниками были: генерал-майор милиции Е. И. Борисоглебский, генерал-майор милиции С. В. Анисимов, полковник милиции Г. Г. Зуйков, полковник внутренней службы Н. М. Бугорков, генерал-майор милиции П. В. Никитин, генерал-лейтенант внутренней службы И. Я. Дроздецкий, генерал-майор милиции В. Д. Иванов, генерал-майор милиции В. А. Гринин, полковник милиции П. Т. Усиков, полковник внутренней службы А. И. Ботов, генерал-майор внутренней службы В. М. Капитаншин, кандидат юридических наук генерал-майор милиции В. И. Позняк.

С 2011 г. к Московскому университету МВД России в качестве структурного подразделения присоединена Академия экономической безопасности МВД России. История Академии началась с Института повышения квалификации руководящих работников и специалистов федеральных органов налоговой полиции, реорганизованного в последующем в Академию налоговой полиции ФСНП России